Tu problema es que las entradas de las tarjetas TB 6600 van optoacopladas, y realmente estás alimentando unos diodos LED. Cuando pones dos diodos en paralelo sin poner resistencias para que se reparta la corriente siempre hay uno que luce y otro que no, con lo que solo va uno de los dos motores.
En tu esquema necesitarías añadir una resistencias de 220 ohmios en serie en cada entrada de los 6600 (seis resistencias en total). Con eso debería funcionar perfectamente.
La opción de utilizar solo un driver para dos motores es razonable a pocas revoluciones, pero cuando aumente la velocidad si los dos motores no son idénticos y arrastran la misma carga podrían dar problemas. También la gestión de la corriente sería un poco irregular y uno de los dos motores podría recibir más corriente que el otro.
Un saludo.