Eso suena a tener activada la compensación del diámetro de herramienta.
Primero, observa si la desviación de Z se corresponde (a ojo) con el diámetro en la tabla de la herramienta que tengas activa.
Si es así, mira el código en busca de algún G41 o G42 (o G41.1, G42.1).
Si no los hay, mira en la pestaña MDI "Códigos G Activos". Los códigos G4x son modales y pueden haber quedado programados desde un código anterior o desde la variable RS274NGC_STARTUP_CODE de la sección [RS274NGC] del archivo .ini de la máquina.
Si ese es el problema, elimina los G41/G42 del programa y dale un G40 en MDI para borrar los modales. Si es del .ini, ese G40 tambien elimina los modales.