Hola, no soy el más indicado para aconsejar en estos temas, también tengo dudas en algunas cosas.
El tema del ajuste de los parámetros va en función de cada máquina, depende de muchos factores por ejemplo, no es el mismo ajuste para unos drivers configurados a 8 micro pasos que a 64, el punto óptimo lo vas a tener que descubrir tu con el método de prueba y error.
En el problema de que al hacer un trabajo el punto cero se te va, para mi que es un problema del software de diseño, a mi me pasaba algo parecido con el que usaba yo.
También deberías de comprobar las dimensiones del área de trabajo que eso lo ajustas con los comandos $130, $131, $132