Hablo sin haberlo hecho, sólo por lo que leí cuando monté una impresora 3D, pero como ya venía calibrado, no toqué nada.
Para medir el voltaje de referencia, has de tener los motores desconectados, pero la placa de drivers alimentada con el voltaje del motor, y luego se mide desde masa y el punto central del potenciómetro. Creo que había una fórmula para calcular el voltaje según la intensidad a la que se quiere que trabaje el motor.
No conviene que trabaje a una intensidad demasiado alta, para evitar el sobrecalentamiento de los drivers y motor y tampoco demasiado baja para que no pierda pasos. Según el motor que tengas deberás establecer la misma.
Otra cosa muy importante: no conectar y desconectar motores con la placa alimentada, que parece que las posibilidades de quemar el driver son bastante altas.
Edito:
Lo he buscado y si, se mide entre masa y la pata central, y el voltaje de referencia debe ser la mitad de la intensidad que quieras en el motor, es decir, si quieres 1A, debes tener un voltaje de 0'5V., y las dos alimentaciones conectadas (5V de la parte lógica y el que sea de los motores)