LinuxCNC prioriza su "base thread", el loop que controla los pulsos que manda a los drivers, frente al "servo thread", para las operaciones secundarias, de manera que no se le va la pinza si andas con el ordenador.
Cuando instalas el LinuxCNC lo primero que tienes que hacer es pasar un programa que tiene que mide el jitter, tiempo de respuesta desde que el ordenador recibe una orden hasta que la procesa. Durante esta prueba te piden que fuerces el ordenador que estés usando (durante varias horas incluso) moviendo archivos pesados, navegando por internet, viendo películas, etc. Una vez hecha esta prueba, coges el valor máximo que te da este programa y lo metes en los parámetros, para que los bucles que realiza sean mas largos que dicho tiempo. Con esto te aseguras que, si mientras estás cortando el ordenador intenta hacer otra cosa, no falle como te ha pasado con Mach.
Por ejemplo yo estaba haciendo un fresado el otro día y mientras movía el interfaz gráfico para ver como iba, este se me atascó y quedó parado, sin embargo la máquina seguía haciendo los movimientos correctamente.