Como bien dice Nat, faltan datos. Lo más importante, de qué material son dichas varillas, y el uso que les vayas a dar.
Vamos a suponer, por ser lo más común, que son de acero normal al carbono.
La soldadura fuerte que recomienda Nat no es desacertada si esas varillas no van a someterse a esfuerzos. Si esas varillas van a sujetar algun peso o a ser sometidas a algún tipo de maltrato, lo mejoir es la soldadura de arco. La más económica es el electrodo. Hoy en día tienes la posibilidad de comprar una máquida de transformador o una inverter a un precio asequible.
Ahora vamos a lo que de verdad te interesa:
¿Se puede soldar una varilla de 3mm de diámetro o espesor a una de 5mm?, por supuesto. Eso sí, sabiendo lo que se hace y cómo hacerlo, porque cuando sueldes con electrodo, si no has elegido bien los parámetros o si te pasas de aporte de calor es probable que te comas la varilla de 3mm. Es recomendable que primero puntees y después sueldes a la gota o por puntos, para darle así tiempo a cada gota de aporte a que enfríe para aportar la siguiente gota, y evitar de esta forma el derretir la varilla de 3mm.
Un saludo.