Lo primero, gracias a todos por vuestra ayuda.
En especial, muchísimas gracias a Jbecerra, por su ayuda, y sobre todo, por su disposición: me ha dado su teléfono y me ha abierto los ojos.
- El spindle era por el check "Invertir" ... venga a mirar y cambiar cosas y ni se me había pasado por la cabeza. Gracias a Jbecerra, que es lo primero en lo que pensó.
- El ESTOP, también daba problemas y ha habido que poner también el check "Invertir".
- La bomba al final era que necesitaba dos pines: tenía uno en el mach como "output", que no sabía lo que era y he ido probando y efectivamente era el de la bomba. LO he configurado en Outputs y perfecto.
- Una cosa que no había mirado era el referenciar los ejes. Al probar con Jbecerra comandos M para ver si se apagaba la bomba aparecía el mensaje de que no se había hecho "homing" y, al ir a hacerlo, aparentemente no se movían los ejes.
El problema, tal y como me había dicho Jbecerra era la velocidad: Estaba a 0.05, con lo que, se movía pero apenas se apreciaba. Cuando he conseguido apagar la bomba "oía" que los motores se ponían en marcha, pero no apreciaba movimiento. He aumentado la velocidad y arreglado.
Bueno, me queda "afinar", probar y acostumbrarme.
Por cierto, por si alguien más decide probar LinuxCNC, explico el problemilla que me pasó:
Siempre tengo una versión de Linux instalada en alguno de mis ordenadores. En este caso la versión era Ubuntu, pero ya desfasado, así que me descargué la imagen de la versión actualizada y a instalar.
La instalación, sin problemas.
Ojo: Si se tiene otro sistema operativo y se quiere conservar, mucho cuidado a la hora de particionar el disco. Hay que hacerlo de forma manual.
Problema, primer reinicio, postea bien, pero a la hora de arrancar el entorno gráfico, pantalla negra. Problema por lo que parece bastante habitual.
Tras investigar el tema lo pude solucionar editando la línea de Grub "GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT", se le añade "nomodeset acpi_osi=Linux" a lo que haya y arreglado.
Un saludo.