Hola.
Unas breves reflexiones:
1. Revisé algo de la tarjeta que mencionas, la CIAA NXP y al menos por lo que ví, a mi parecer es una tarjeta sin programa o cuando más un bootloader. Esto significa que tienes que desarrollar el programa específico para cualquier aplicación que quieras darle. Al menos de primera intención no localice ninguna aplicación CNC con esa tarjeta.
2. Dada la complejidad del desarrollo de un software para CNC me permito sugerirte utilizar algún sistema Arduino. He visto varias aplicaciones para ese fin. De ahí la existencia del lenguaje GRBL.
Nota personal: tal vez el sistema con Arduino pueda ser bueno pero hasta donde he visto al final requieres de una PC para transferirle los programas de los patrones que quieras maquinar. En particular no le veo sentido si desde la PC puedo tener todo el control. Si alguien que lea esta nota me puede ilustrar al respecto quedaré agradecido.
3. Partiéndo del comentario anterior, tal vez tu mejor opción podría ser el software MACH3 que he visto que lo usan bastante. Requieres una PC y una tarjeta del tipo llamado BREAKOUT board ya que por lo que he notado es a travez de ella que controlan los drives de los motores y reciben las señales de entrada. No conozco si existen otros programas similares a tan bajo costo.
Nota: no tengo mucho conocimiento de ese sistema ya que uso uno de diseño propio pero me parece que con una interfaz utilizando un circuito integrado ULN2803 conectado al puerto principal del conector LPT (8 bits) podría ser suficiente. Para las señales de entrada simplemente se utilizan resistencias de cualquier valor entre 2700 ohms y 4700 ohms de 1/4 de watt conectadas a +5V y a cada pin de entradas del puerto LPT (5 bits). Yo tomo ese voltaje de la misma fuente de la PC.
Con esta opción aún tienes 4 bits de salida disponibles. Es la configuración más básica posible. Como dato curioso, yo uso esos 4 bits de salida en algunos casos para hacer un convertidor digital-analógico de 16 pasos que utilzo para controlar la velocidad de la herramienta en algunas máquinas.
Espero que estos comentarios te ayuden o que por lo menos no te confundan más.
Salud y Bienestar.