Cuidado.
El "programa" linuxcnc no es un ejecutable. Es un guion o script que corre en el shell Bash. Esta en el directorio ./usr/bin y comienza asi:
#!/bin/bash
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# usage: linuxcnc [options] [<ini-file>]
#
# options:
# -v = verbose - prints info as it works
# -d = echos script commands to screen for debugging
#
# this version calls pickconfig.tcl to pick an ini file if one
# is not specified on the command line
#
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# Author:
# License: GPL Version 2
# System: Linux
#
# Copyright (c) 2004-2009 All rights reserved.
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# 0. Values that come from configure
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prefix=/usr
exec_prefix=${prefix}
LSMOD=/sbin/lsmod
PIDOF="/bin/pidof -x"
PS=/bin/ps
AWK=/usr/bin/awk
IPCS=/usr/bin/ipcs
KILL=/bin/kill
.
.
.
. etc, etc......
Por pura logica un script no puede correr en el/los procesador/es porque solo entiende binario, no texto puro. Es mas, los interfaces AXIS o gmoccapy son tambien scripts, en este caso en phyton.
Pero ademas, cada modulo de linuxcnc (como paquete completo) es un ejecutable independiente que se comunican entre si mediante un mecanismo que se llama NML (Neutral Message Language). Este mecanismo es manejado por otro ejecutable. Modulos que componen linuxcnc hay un monton; kinematic, iocontrol, interprete de gcode, planificador de trayectorias, HAL........etc,etc.
Y para liarla mas, los modulos son llamados por otros modulos o por script. Con esto quiero decir que generalmente no es posible asignar un core a un proceso en particular porque no tenemos forma de acceder a su llamada.............bueno, a no ser que toquemos las fuentes. Y no me meto con el parche RTAI que da a linux capacidad de tiempo real........................y paro ya de dar la brasa
Mi recomendacion: olvidarse de momento de la asignacion de cores y esperar a que el equipo de desarrollo cumpla con la promesa que hace de que estan desarrollando un nuevo planificador que eliminara la necesidad de juguetear con isolcpus.
3. Latency Testing with 3.14 RTAI
There is a new scheduler in RTAI for 3.10 and 3.14. It no longer requires any isolcpus settings.
3.14 RTAI is in the testing stage at the time of this writing (September 2014). It should be in the official Linuxcnc release in the near future. 
