Hola;
Voy a tratar de contestarte tu pregunta. No existe un estándar para el control de controladores para motores paso a paso, cada fabricante utiliza el sistema mas apropiado para su propósito. Ahora bien, en sistemas de control numérico para maquinas herramienta se utiliza (entre otros) el control por paso y dirección. Para control por PC es cómodo y programas como Linuxcnc y Mach3 lo utilizan.
Para equipos medicos eso no se cumple y tus controladores pueden ser controladas por una interface Serie, CAN, Modbus, CW and CCW, u otro sistema, dependiendo del fabricante. Yo te aconsejaría que, si no consigues toda la información pertinente del propio fabricante del equipo medico, utilices controladores comerciales o te hagas tu propio controlador e interface con el PC. En este foro y en foros relacionados con Mach3 o Linuxcnc podrás conseguir recomendaciones, muchas personas utilizan los controladores chinos con mas o menos éxito (a pesar de sus limitaciones).
Saludos,
kreutz