Bueno, pues ahora si estamos seguros de que el problema es en la configuración del mach3 o en el break-out box. Por favor, muéstranos unas fotos de las pantallas de configuración de velocidad y aceleraciion (para cada eje) del mach3. Al menos, ajusta los parámetros del X y Z a los mismos que ya tiene el eje Y para partir de las condiciones del que ya trabaja correctamente, si después de esto siguen sin trabajar, entonces revisa el "break-out box" (la tarjeta entre el puerto paralelo y la controladora) y/o el cable entre el puerto paralelo y el break-out box, puede estar defectuoso.
Muchas veces se dan problemas porque los voltajes de salida del puerto paralelo son de 3 voltios (sobre todo en los laptops) y el break-out box esta configurado para 5 voltios. Eso te inestabilidad y sobrecarga del circuito integrado del puerto paralelo (en el motherboard) al recibir señales de 5 voltios, lo que lo puede deteriorar.
