Buenas.
No sé si lo has conseguido solucionar, pero eso más que de parámetros en el CNC, es de falta de comprobación de herramienta en el programa de cambio de herramientas. En ese CNC (Fanuc 0MD) el programa vinculado al "M6" es el O9001 normalmente y está protegido contra escritura para evitar manipulación, aunque se puede editar habilitando un parámetro (tendría que mirar cual es)
En el programa del cambio, se hace una comprobación mediante código en el que se evita que si la herramienta llamada es la misma que la actual, salte en proceso de subida a la altura de cambio, alineación del husillo, entrada del cambiador, etc... Digamos que en el programa se añade un salto condicionado para evitar eso.
Te puedo mandar el código del programa que usa la máquina en la que trabajo yo por si te sirve, pero primero haz una copia de seguridad del programa que usas.
Espero que te sirva.