Nunca he mecanizado desde Catia, la verdad, pero todos los programas de CAM que he usado permiten importar archivos STL directamente para mecanizar.
Échale un vistazo a este vídeo, creo que te puede ayudar:
https://www.youtube.com/watch?v=LejqV4R6S_0Otra forma de trabajar seria para mi mas interesante. Supongo que has exportado una geometría de catia, la has importado en la web, y allí le has aplicado el relieve. Lo que yo haría seria importar el stl en una catpart, y allí convertir a superficies solo el relieve, lo imprescindible para definirlo, y después sumar o restar a la geometría original.
https://www.youtube.com/watch?v=r0yKt1BW4PU (Si estás haciendo un bajorrelieve de profundidad constante, no conviertas a superficie el fondo del relieve, usa un offset de la superficie original, acabas antes y con mas precisión)
Si pones una imagen de lo que quieres hacer, igual te puedo dar alguna idea mas.