Hola, voy a responder un poco de memoria, así que no sé si la respuesta será del todo buena:
Mach3 te permite configurar el uso de, por ej, dos puertos paralelos.
En la opción de "ports&pins" del menú "config", en la pestaña "inputs signals"puedes configurar los pines del puerto paralelo 2 (que tendrás libre) para conectar allí pulsadores directamente .
Para verlo, tienes que bajar la barra de desplazamiento de esa ventana, para ver un montón de cosas que puedes configurar así.
Te tocará investigar un poco más, pero creo que por ahí puedes encontrar tu solución.