Magirus, te cuento lo poquito que se, espero no meter la zarpa mucho...

En primer lugar, ¿Cómo compruebo la perpendicularidad de la pieza con la fresa? ¿Escuadra?
En teoría, si el cabezal de la fresadora esta perpendicular a la mesa, la fresa lo estará de la mesa.
Supongo que habrás visto el método para colocar el cabezal perpendicular a la mesa (relojito y dos puntos de comprobación diametralmente opuestos), puedes aplicar el mismo sistema con la cara superior de la pieza.
Pero claro, el factor "como es la pieza" es importante...
¿Cómo puedo comprobar el ajuste de los ángulos del cabezal universal?
Por esta pregunta, veo que la respuesta que te he dado a la primera no te sirve.
Yo publique en su dia como se hace, (o al menos unas comprobaciones que hice donde se ve), pero no lo encuentro...en fin...esta en el foro, solo hay que saber donde...

¿Los bloques paralelos y los bloques en V, para qué sirven exactamente? ¿Los puedo colocar debajo de la pieza a modo de mártires?
NO, mártires no, te permiten colocar la pieza sabiendo que esos bloques tienen una dimensiones homogéneas, conocidas y precisas, con lo cual te será facil posicionar la pieza en su sitio sabiendo que sigue paralela a la mesa o perpendicular...
Hace unos días Aletorno me comentó que por el foro había colgado un tutorial al respecto, pero no he sido capaz de encontrarlo.
Jeje pues eso, que yo tampoco...pero sigo buscando.