Hola.
No te tomes a mil mi comentario, no pretendo ser desconsiderado.
Deberias darle un vistazo al codigo G.
http://en.wikipedia.org/wiki/G-codePor lo que cuentas, no tienes ningun problema de hardware ya, es un avance, ahora tiene problemas o de configuracion de maquina ( solo las relaciones de movimiento ) o mala interpretacion del codigo G.
Todo lo que quieras hacer con la maquina estara escrito al final en codigo G, asi que es imprescindible tener algun rudimentario conocimiento de este lenguaje.
Las comprobaciones podras hacerla facilmente como enviarle un movimiento a un eje con una distancia, G0 X100 y podras verificar si la maquina se mueve esos 100 mm en el x.
G21 hace que la unidad sea mm, si por ejemplo tienes activado G20 estara trabajando en pulgadas y los trabajos salen mas grandes
