Creo que voy llegando al fondo del asunto.
Tras generar distintos codigos G con Artcam y Aspire con el mismo dibujo en CAD2010 y CAD203, tanto en Gcode*Tap como en Mach2/3 Arcs (mm) en dos ordenadores distintos, ambos recien formateados sin obtener mejores resultados, he abierto la caja con los controladores y he tomado refencias "yoocnc NT65-3x"para buscarlas en internet.
Por lo visto, muchos propietarios con esta controladora "chinorris" tienen problemas similares al mio (medidas que no corresponden).
Al parecer son muy sensibles a variaciones electricas y producen parasitos, que se traducen en perdidas de pasos principalmente en X e Y.
La solucion mas radical es comprar otra constroladora GEKO que con de lo mejorcito y de las mas caras....otra opcion mas economica es montar un controlador arduino ( que no tengo ni idea de como programarlo) y por ultima opcion (la mas barata de todas) es modificar la que lleva de serie.
El primer paso recomendado y sencillo es conectar la maquina cnc en un enchufe independiente, con toma de tierra, sin regletas ni nada por el estilo de por medio.
El segundo paso es cambiar los capacitadores electroliticos que lleva de 1000uf para cada eje, por unos de mayor capacidad, en foros recomiendan de hasta 2200uf.
El tercer paso es montar capacitadores ceramicos de 470nf en paralelos con los 2200uf con el pin 15 del TB6560 como en la foto.

Este es con otro tipo de capacitadores

Y por ultimo, es interesante sustituir el ventilador por uno mas capaz y silencioso, o incluso montar dos ventiladora (una metiendo aire y otro ventilador sacando pero ambos, con una fuente de alimentacion externa independiente de los drivers, ya que este tambien genera interferencias al resto de componentes.
Con estos apaños han logrado pasar de una desviacion de 0,3-0,8 mm a sólo 0,03 mm
PD. Otra modificacion que equiro hacer mas adelante, una vez que esté funcionando como dios manda, será montar unos minisventiladores a los motores paso a paso, ahora en verano, cuando llevan rato trabajando o por error no los he desconectado mientras estoy realizando modificaciones en CAD, CAM o similares, se calientan muchisimo, hasta el punto que no puedes mantener la mano apoyada en ellos mas de 5 segundos .
Voy a probarlo y os comento.