Estimado Kratos46, yo pase por algo parecido en linuxcnc, el problema me sucedia cuando ejecutaba un programa de prueba, en ocasiones se volvian locos los motores y switches (no siempre, pero era impredecible), si los probaba por separado no tenia problemas. La solucion que yo encontre fue conectar la malla de blindaje de los cables con la tierra fisica del sistema, y en el otro extremo le hice una espira al rededor del cable. Los cables blindados ya los tenia instalados pero no habia conectado esa malla a tierra fisica. Yo probe muchas cosas antes de encontrar esta solucion, realize el disparo logico a travez de resistores pus-pull y otras opciones que ya no recuerdo. LAs tierras fisicas son importantes cuando hay fuentes de interferencias cercanas (cualquier otra maquina estando conectada a la misma fase). Y para evitarme otra sorpresa, aproveche para conectar las demas tierras fisicas.
Espero te sirva mi comentario. Saludos.