Hola Chapulino

Evidentemente deja los interruptores del motor Z iguales a los del X, yo te recomendaría a 1000 pasos/revolución.
No sé si tienes osciloscopio. Si lo tienes pues es bien fácil comprobar si hay pulsos en la salida del Arduino.
En el fichero cfg comprueba que los parámetros del motor Z sean los mismos que los del eje X.
La reducción Z déjala en 1:1, igual que el X.
El potenciómetro debe estar conectado ya que regula la velocidad del eje, pero si con el X funciona pues debe hacerlo con el Z a la misma velocidad.
Comprueba la salida ENABLE, debe ester en estado alto es decir a 5V, si no estás seguro deja esa entrada en el driver al aire.
Un saludo