Hola, Óscar:
Si son ruedas dentadas de plástico, como supongo, que ya tienen el taladro del eje bien centrado (de fábrica), yo lo que hago es hacer los taladros primero en una pletina y luego, con ella como plantilla, los paso a la otra.
Para la primera, voy de eje en eje. Primero taladro el alojamiento de uno, con una broca de igual diámetro que el del taladro que tenga la rueda dentada. Ahí le meto la varilla que usaré de eje y ensartada en ella, la rueda dentada. Luego le pongo en contacto la que tendrá que engranar con ella, pero con una tira de papel atrapada entre ambas, para dejar algo de holgura. Si no, siempre hay un punto donde se agarrotan. Y así voy poco a poco montando el circo...