¡Humm!, no soy técnico en electrónica, pero tiene pinta de que las escobillas del motor de c.c. producen muchas interferencias. A mí me pasaba con los trenes miniatura. Prueba colocar un condensador de 0,1 microfaradios (poliéster u otro no electrolítico) entre las bornas del motor o bien un condensador del mismo valor entre el polo positivo y la carcasa del motor y otro igualmente entre el polo negativo y la carcasa. ¿Por cierto, el motor es de un limpiaparabrisas de coche y el negativo va a masa?. Prueba aislarlo del resto del conjunto. Esas son mis ideas.
También he de decirte que tenía un problema con una fuente de alimentación para trenes autoconstruída y que me cambiaba el sentido de marcha cuando saltaba alguna chispa en las ruedas de la locomotora cuando no hacía buen contacto. Lo solucioné conectando un condensador de poco valor entre el negativo y el cable que invertía la marcha. Te lo digo porque a lo mejor necesitarías filtrar con un condensador de escaso valor la señal de entrada de las reglas.
Esto es todo lo que se me ocurre. Saludos y perdonad la lata.