pues seguramente no tendras bien configurados los pasos que tiene que dar por mm en alguno o en todos los motores, es decir, igual en vez de avanzar 1mm esta avanzando 1,5, o incluso 0.5, no se si me explico, si un motor avanza lo que debe y el otro no efectivamente tendras una descompensacion en lo que hagas.
pon que transmision tiene, cuanto tiene de avanze, si es directa o por correa, si tiene desmultiplicacion o es relacion 1:1, que pasos tiene el motor, como tienes los micropasos puestos y trataremos de darte la configuracion de pasos para mach3.