Efectivamente, en general cuanto más largos son para una medida dada tienen más par.
Si tienen 6 cables, llevan un conexionado unipolar.  Al ser una controladora bipolar te sobrarán dos cables.
Con un tester puesto en ohmios encontrarás que entre dos pares de cables hay más resistencia que en el resto, de manera que sobran dos cables y los otros cuatro son la bobina A y la bobina B.  El órden de los cables es lo de menos, ya que afecta a la dirección de giro del motor, pero luego la puedes cambiar por software.
En esta imágen tus motores serían del segundo tipo (6 lead unipolar connection), y los dos cables centrales sobran, de manera que el conexionado sería el de la tercera imagen (6 lead bipolar series connection).

Con el esquema y un buen polímetro no tienes pérdida.
Para el tema de la potencia, empieza con poca y ve subiendo hasta que el motor se caliente.  Como te comentaba si puedes aguantarlo con la mano la temperatura es tolerable, si "quema" es demasiada corriente.  Ojo que en verano los motores se calientan bastante más, tenlo en cuenta a la hora de regular.
Un saludo.