Muchas gracias por las respuestas, y perdona la tardanza Fernando... el tiempo para hobby anda escaso.
He vuelto al ataque con el tema, lo de los acopladores ya lo conocía... pero quería hacer algo más de relojería. Y el tema es que me pica que en amor propio porque el error es tan grueso que por fuerza algo debo estar haciendo mal.
He hecho un rebaje al eje como sujerías y un nuevo casquillo, y aún así el eje no queda alineado, describe un cono de más de 5mm en 250mm que mide la varilla. He seleccionado de varias varillas comprobando con la mesa de la fresadora primero que no estuvieran combada antes.

Para hacer el rebaje de la varilla primero lo hice a "capela" poniendo papel cubriendo la rosca, en un segundo intento montando dos tuercas y apretando los perros sobr e ellas y una contratuerca más en la de la punta. El rebaje queda a 4.05 con lo que entra ajustadito a poco que empujas en el casquillo.
El taladro central está hecho con una broca de 3mm y después una de 4mm, cogida con el portabrocas del contrapunto (el portabrocas es uno "weno" que tengo de la fresadora, que coincide el cono MT2).... pero ya sospecho hasta de esto.
La rosca en su base parece girar centrada, pero ¿puede salir el taladro inclinado en 15mm de profundidad de aluminio? ¿otro método más seguro de asegurar el alineamiento?
Cualquier idea es bienvenida
Gracias